Слабевшая Золотая Орда предоставляла Червлёному Яру всё более широкую самостоятельность, а крепнувшие русские княжества всё настойчивее на неё посягали. Об этом свидетельствует Переселение казаков на Терек. Гребенские казаки на Тереке, упомянутые в повести Льва Толстого «Казаки», ведут своё начало, как доказывает историк Александр Шенников, именно от казаков Червлёного Яра. Гребенские казаки Как теперь вырисовывается, появились там ещё в самом конце XV столетия.
в 1480 году Золотая Орда была разгромлена крымцами и после этого пребывала в агонии. По соседству с Червлёным Яром в те же годы утвердилась Москва, присоединив к себе удельное Елецкое княжество, ранее бывшее зависимым от Рязани. Хопёрцы, как старые, так и вновь прибывшие, всё сильнее чувствовали на себе угрозу московского самодержавия. В этих условиях значительная часть казаков Червлёного Яра приняла решение уйти туда, где ещё есть воля.
Конец Червлёного Яра
часть казаков осталась на Хопре и ещё долго сохраняла самостоятельность. В 1549 году ногайский мурза Юсуф жаловался московскому царю Ивану IV на грабежи купцов казаками во главе с неким Сары Азманом где-то в районе Воронежа, то есть рядом с Червлёным Яром. В последующем хопёрское казачество сливается с донским, но ещё долго сохраняет свои особенности. Хопёрские полки выделяются в составе казачьих частей.
Казаки Червлёного Яра приняли активное участие в восстаниях донских атаманов Степана Разина (1670-1671) и Кондратия Булавина (1707-1708). Во время последнего армия Петра I полностью уничтожила все старые свободы Донского войска. Червлёный Яр был разорён царскими войсками до основания, его центр Пристанский городок (ныне в черте города Новохопёрска) стёрт с лица земли.
В конце XVIII века Екатерина II решила переселить хопёрцев на Северный Кавказ и включить в состав Кубанского войска. В ответ в 1792 гг. часть хопёрских казаков восстала под предводительством есаула Ивана Рубцова (которого в последствие удалось захватить и забить кнутом). Это было последнее воспоминание о былой вольности Червлёного Яра.
